La historia está dividida en tres arcos principales, cada uno con su propio enfoque en una pareja diferente, aunque todos están interconectados dentro del mismo universo.

Junjo Romantica: Este es el arco principal de la serie y sigue la relación entre Misaki Takahashi, un estudiante universitario, y Akihiko Usami, un exitoso y famoso novelista. La historia comienza cuando Misaki, buscando mejorar sus calificaciones para ingresar a la universidad, recibe ayuda de Akihiko, quien es amigo de su hermano mayor, Takahiro. A pesar de que la relación entre Misaki y Akihiko comienza de manera complicada y un tanto forzada, con el tiempo, los sentimientos entre ellos se desarrollan, y Misaki empieza a comprender y corresponder los sentimientos de Akihiko.

Junjo Egoist: Este arco se centra en la relación entre Hiroki Kamijou, un profesor universitario y amigo de la infancia de Akihiko, y Nowaki Kusama, un joven huérfano y trabajador social que se enamora de Hiroki. Nowaki es persistente en su afecto por Hiroki, y a pesar de la diferencia de edad y los obstáculos emocionales, su relación evoluciona de manera profunda y conmovedora.

Junjo Terrorist: Este arco sigue la historia de amor entre Yo Miyagi, un profesor universitario y colega de Hiroki, y Shinobu Takatsuki, un joven decidido que es hermano menor de la exesposa de Miyagi. Shinobu está convencido de que está destinado a estar con Miyagi y persigue con determinación esta relación, a pesar de la reticencia inicial de Miyagi, quien está lidiando con el dolor de un amor pasado.

La historia está dividida en tres arcos principales, cada uno con su propio enfoque en una pareja diferente, aunque todos están interconectados dentro del mismo universo.

Junjo Romantica: Este es el arco principal de la serie y sigue la relación entre Misaki Takahashi, un estudiante universitario, y Akihiko Usami, un exitoso y famoso novelista. La historia comienza cuando Misaki, buscando mejorar sus calificaciones para ingresar a la universidad, recibe ayuda de Akihiko, quien es amigo de su hermano mayor, Takahiro. A pesar de que la relación entre Misaki y Akihiko comienza de manera complicada y un tanto forzada, con el tiempo, los sentimientos entre ellos se desarrollan, y Misaki empieza a comprender y corresponder los sentimientos de Akihiko.

Junjo Egoist: Este arco se centra en la relación entre Hiroki Kamijou, un profesor universitario y amigo de la infancia de Akihiko, y Nowaki Kusama, un joven huérfano y trabajador social que se enamora de Hiroki. Nowaki es persistente en su afecto por Hiroki, y a pesar de la diferencia de edad y los obstáculos emocionales, su relación evoluciona de manera profunda y conmovedora.

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Chihiro Rokuhira es el hijo del legendario Kunishige Rokuhira, un herrero conocido por haber forjado seis espadas mágicas que fueron decisivas para poner fin a la Guerra Seitei. Pese a que sus personalidades son totalmente opuestas, Kunishige entrena con empeño a Chihiro, quien busca convertirse en un herrero tan hábil como su padre. 

Sin embargo, todo cambia drásticamente cuando Kunishige es asesinado por un grupo de hechiceros criminales conocidos como los Hishaku, quienes se apoderan de las valiosas creaciones del herrero. Consumido por la ira, Chihiro empuñara a Enten, la séptima espada especial forjada por su padre, y emprende una sangrienta misión para poder vengarlo y recuperar las espadas robadas.

¡Ya sea gente educada o de buena familia, la academia Shuchiin reúne a los mayores genios! En el consejo estudiantil del centro se conocen Kaguya Shinomiya, vicepresidenta del consejo, y Miyuki Shirogane, el presidente. Parece que se gustan, pero... ¡ha pasado medio año sin que suceda nada! Son tan orgullosos que se niegan a confesar sus sentimientos, así que esperan que sea el otro el que dé el paso, y para ello planean las más complejas estrategias. ¡¡Disfruten hasta que se confiesen su amor!! ¡¡Empieza una divertida guerra psicológica!

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