Continúa la historia de Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki y Fuu Hououji. Después de haber completado su primera misión y restaurado la paz en Cephiro, las tres chicas regresan a su mundo, pensando que su aventura ha terminado. Sin embargo, pronto descubren que su labor no ha concluido.

Las chicas son llamadas de nuevo a Cephiro, donde enfrentan una nueva amenaza. La historia revela que la paz recién restaurada en Cephiro está en peligro debido a un nuevo conflicto. Las Caballeros Mágicos deben enfrentarse a desafíos aún mayores y desentrañar nuevos misterios para salvar a Cephiro de una amenaza aún más oscura que antes.